Es la única parte original de la iglesia, tiene una bóveda espaciosa de estilo gótico compuesto por arcos ojivales (terminados en punta) de los cuales nace una serie de nervios o nervaduras que convergen o se unen en el centro de la misma a manera de una gran telaraña, los colores que nos presenta son un tanto más oscuros que el resto de la iglesia lo que nos ayuda a conocer las modificaciones que ha ido recibiendo la misma desde el terremoto de 1878 aproximadamente.
Dispone de una ventana sencilla la cual permite la iluminación del coro además tiene una dimensión de
14 m. de largo por 10 m. de ancho, adornado con una sillería tallada en madera de cedro dividida en 18 sillas para la hilera baja y 34 sillas para la hilera alta dando lugar a 52 sillas con su propio reclinatorio. Cerca de ellas se encuentra la decoración de la pared; una serie de altos relieves que muestran a la Orden Agustina cada uno de ellos separados entre sí por columnas labradas y doradas destacándose San Agustín en el centro él cual viste de Obispo y lleva una iglesia en la mano.
En medio del coro se levanta un majestuoso órgano considerado uno de los mejores de Quito, traído de Alemania y donado a la Orden de San Agustín por doña María Luisa Gangotena en 21 de Febrero de 1927.
Es de estructura moderna, de orden dórico, tiene las comodidades que el interprete requiere y su función es a través de aire que corre en su interior.